Общая информация
Целью группы биоинформатики является разработка эффективных вычислительных методов для актуальных задач биологии и медицины. Проекты группы покрывают достаточно широкий спектр задач: от обработки данных метагеномного ДНК-секвенирования до анализа экспрессии генов и метаболомики.
Группа активно сотрудничает с лабораторией Максима Артемова в Университете Вашингтона в Сент-Луисе и лабораторией Дмитрия Алексеева в МФТИ, а также поддерживается компанией JetBrains.
Ежегодно совместно с Институтом биоинформатики группой организуется семинар по системной биологии.
Основные проекты
Сравнительный анализ метагеномных данных. В рамках проекта разрабатывается программа MetaFast. В методе MetaFast применяется компромиссный вариант между использованием метагеномной de novo сборки и спектров k-меров. Такая комбинация позволяет объединить преимущества этих подходов: интерпретируемость и вычислительную эффективность, при отсутствии необходимости наличия заранее известных референсных геномных последовательностей.
Анализ открытых баз экспериментальных данных. Базы экспериментальных данных, такие как TCGA и GEO Omnibus, хранят в себе данные большого числа экспериментов и интересным является поиск связей в этих данных. Для поиска таких связей разрабатывается веб-сервис GeneQuery, позволяющий искать эксперименты с похожей регуляцией генов. Поиск неочевидных связей с другими экспериментами упрощает процесс генерации гипотез.
Методы анализа для изучения метаболической регуляции. В последнее время ученые оценили роль метаболической регуляции, особенно в контексте иммунной системы и развития опухолевых клеток. Данный проект посвящен разработке методов для изучения метаболической регуляции с помощью анализа данных транскриптомики и метаболомики. В рамках проекта был разработан набор методов, доступных в виде веб-сервиса GAM для интегративного сетевого анализа таких данных.
Программа магистратуры
На базе лаборатории «Компьютерные технологии» в сотрудничестве с Институтом биоинформатики открыта программа магистратуры «Биоинформатика и системная биология». Программа рассчитана на то, чтобы обучить студентов с образованием по биологии/медицине или информатике/математике актуальным методам биоинформатики и дать представление о связи между вычислительной и экспериментальной биологией.
Программа готовит специалистов, способных применять методы биоинформатики для решения задач, возникающих в области биологии и медицины, таких как:
- изучение эволюционных процессов: происхождение видов, появление и распространение антибиотикорезистентности;
- диагностика и изучение молекулярных механизмов генетических заболеваний;
- структурное моделирование для задач фармакологии;
- персонализированный подбор терапии для пациентов с раковыми и другими заболеваниями.
Первый набор состоялся в 2018 году. Обучение в магистратуре проходит полностью на английском языке.
Подробнее: https://abit.itmo.ru/program/13301/
За новостями программы следите в социальных сетях Facebook и Вконтакте.
Связаться с куратором можно по почте bioinf@itmo.ru.